Roční zúčtování daně je z hlediska zaměstnance nejjednodušším způsobem vyrovnání daňové povinnosti a odvedených záloh. O roční zúčtování daně může požádat zaměstnanec, který ve zdaňovacím období neodváděl zálohy na daň u více plátců současně a neměl doplatky příjmů z minulých zdaňovacích období, pokud podepsal na příslušné období daňové prohlášení, a to do 15. února následujícího po skončení zdaňovacího období (§ 38ch odst. 1 ZDP).

Roční zúčtování daně probíhá formou porovnání roční daňové povinnosti (vypočtené z celkových ročních příjmů poplatníka) a záloh na dani, které odvedl. V ročním zúčtování daně je možné uplatnit tzv. nezdanitelné části základu daně (dle § 15 ZDP) a slevu na dani na manželku/manžela (§ 35ba odst. 1 písm. b)).

Kladný rozdíl mezi odvedenými zálohami na daň a roční daňovou povinností vrátí plátce daně poplatníkovi jako přeplatek. Případný nedoplatek se v ročním zúčtování daně poplatníkovi nesráží.